工程审计专业为2022年获批的新设本科专业。其前身可追溯到1988年开设的基本建设审计专业，1993年开设了唯一以业务命名的审计学本科专业（基建审计方向）。工程审计专业具有工程与审计有机融合的鲜明专业特色，专业主动适应未来科学技术进步和国家治理需要，服务国家重大项目建设管理与审计监督，培养学生具有坚实的工程与审计理论、系统的管理学、经济学、法学等基础知识，掌握现代管理方法和数字化信息技术，契合未来工程审计领域，特别是复杂工程审计和新基建工程审计领域发展需要的“工程+审计+计算机”复合型高层次专门人才。本专业拥有一支专兼职相结合的“双师型”师资队伍，产学研紧密结合，其中专任教师10余名，博士率达到82%。2022年、2023年，高等教育专业评价机构上海软科正式发布的中国大学专业排名，新增专业工程审计连续两年获得A+等级评价，排名全国第1。